Детское хирургическое отделение абдоминальной хирургии (неотложной и гнойной хирургии) было открыто в больнице в 1887 году. Отделение является базой кафедры детской хирургии Российского государственного медицинского университета. В отделении разрабатываются важнейшие и новейшие методы диагностики и лечения различных заболеваний органов брюшной полости и забрюшинного пространства, аноректальной зоны, гнойносептических заболеваний.
В год через отделение проходит около 2500 больных. Хирургическая активность составляет 55-60% (около 1500 операций в год). С 1990 г внедрены в практику малоинвазивные (лапроскопические и пункционные) методы лечения: доброкачественных кист и опухолей различной локализации (диафрагмы, печени, селезенки, поджелудочной железы, почек); варикоцеле; паховых грыж; атрезии ануса; болезни Гиршпрунга и другой патологии толстой кишки. Выполняются экстренные лапароскопические операции при остром аппендиците, перитоните, кишечной непроходимости, осложнениях дивертикула Меккеля, травмах органов брюшной полости, гинекологической патологии, желудочно-кишечных кровотечениях.
Заведующий отделением Смирнов Алексей Николаевич врач высшей категории, доктор медицинских наук, профессор.
Работает в больнице с 1975 года, с 2000 года заведует отделением гнойной хирургии, является высококвалифицированным специалистом в области неотложной хирургии, хирургической гастроэнтерологии, гнойной хирургии и детской колопроктологии.
Все врачи отделения специалисты высшей категории, кандидаты медицинских наук.
Отделение полностью оснащено современным лечебно-диагностическим оборудованием, позволяющим выполнять оперативные вмешательства, биопсии любой категории сложности у детей всех возрастных групп.