Хирургическое общество Пирогова было основано в 1881 году. Еще в 1843 году Н.И. Пирогов основал врачебный кружок. За 40 лет работы кружка было 537 заседаний, председателем и часто докладчиком был сам Николай Иванович. Символично, что Хирургическое общество Пирогова было организовано в последний год земного пути великого хирурги. Когда проф. А.Л. Эберман привез уже тяжело больному Пирогову на утверждение устав общества, тот предложил как девиз нового хирургического общества взять выражение приписываемое Гиппократу: «Суждение трудно, опыт обманчив».
Уже само перечисление имен хирургов, которые были председателями общества в разные годы, говорит о высочайшем научном уровне общества: Г.Ф. Цейдлер (1900, 1901, 1906), М.С. Субботин (1902 - 1905), Г.И. Грубер (1907-1908), А.А. Троянов (1909), Н.А. Вельяминов (1910), С.П. Федоров (1911-1914), И.И.Греков (1916-1923, 1932), Р.Р. Вреден (1924-1925), Н.Н.Петров (1926, 1927, 1930, 1931, 1936, 1942, 1949), С.С. Гирголав (1928, 1941, 1947), В.А. Оппель (1929), В.А. Шаак (1933, 1937), Э.Р. Гессе (1934), И.И. Джанелидзе (1935, 1938, 1940, 1945), A.M. Заблудовский (1939), П.А. Куприянов (1943-1944, 1951, 1955), В.Н. Шамов (1946, 1951, 1955), А.В. Смирнов (1952, 1956-1957), А.В.Мельников (1953), А.Н. Филатов (1954, 1963, 1967), Е.В.Смирнов (1959), Ф.Г. Углов (1960), П.Н. Напалков (1961, 1966), В.И. Колесов (1962), Н.Н. Блинов (1964), И.С. Колес¬ников (1965). Во второй половине двадцатого века этой чести удостаивались А.А. Русанов, В.М. Ситенко, П.Н. Зубарев, В.В. Гриценко, Е.К. Гуманенко, В.М. Седов, члены-корреспонденты РАМН Н.В. Путов, И.А. Ерюхин, Л.В. Поташов, Н.А. Майстренко, С.Ф. Багненко, академики РАМН А.П. Колесов, Н.А. Яицкий.
На заседаниях общества всегда можно почувствовать высокий интеллектуальный потенциал Петербургской хирургической школы. С 2009 г. по 2011 г. этот пост занимал проф. Петр Казимирович Яблонский.